Ein Wunschkennzeichen mit E habe ich auch noch nicht bei einer Reservierung gesehen.
Reserviere Dir ein Kennzeichen mit maximal 7-Stellen inkl. allem und gib dem Händler an, dass er ein E-Kennzeichen beantragen soll. Dann wird das E hinten angefügt.
So habe ich es auch gemacht (bei meiner Stadt kann man auch kein E-Kennzeichen als Wunschkennzeichen aussuchen).
Meinen Händler habe ich insofern motiviert, dass im Kaufvertrag Wunschkennzeichen und E-Kennzeichen habe reinschreiben lassen. Notfalls hätte der noch mal zur Zulassungsstelle hinfahren müssen und das Auto abmelden und neu anmelden auf seine Kosten.
Wenn Du 100% sicher gehen willst, geh selbst zur Zulassungsstelle und melde das Auto an.