Bei der Vollkasko würde ich mir wenig Sorgen machen. Das hast Du ja unter Kontrolle. Bei der Teilkasko wäre ich vorsichtiger.
Manche Händler bieten bei Werkstattwagen eine Reduzierung der Selbstbeteiligung. Aber ich vermute Du hast den Händler schon danach gefragt.
Ich würde bei Deiner jetzigen Autoversicherung nachfragen, ob diese so etwas anbieten (die kennt Dich und Deinen Schadensverlauf). Wenn diese abwinkt, wird es schwierig.
Ansonsten musst Du Dir einen anderen Händler suchen. Allerdings sind heutzutage auch 1.000 EUR bei der Vollkasko schon normal.